Originaire de la ville d’Orthez dans les Pyrénées-Atlantiques, Alexandre Aguilera fait partie de cette nouvelle génération de musiciens de jazz issus de la classe de Julien Dubois au conservatoire de Bordeaux. Durant les sept années passées là-bas, il développe à la flûte traversière et au saxophone un langage musical centré autour de l'expressivité d'un Cannonball Adderley, de la sophistication d'un Lee Konitz ou du lyrisme d'un Kenny Wheeler.
Sa rencontre marquante avec le batteur et compositeur américain John Hollenbeck en 2016 le pousse à élargir ses connaissances musicales, au-delà de l'esthétique jazz. Il étudie ainsi pendant deux ans la flûte traversière classique avec Jutta Pulcini et Julien Beaudiment, puis décide d’approfondir sa maîtrise du jazz et des musiques improvisées en rejoignant le conservatoire national supérieur de musique et de danse de Paris. Il se passionne tout autant pour la musique d'Inde du nord avec le flûtiste Henri Tournier, que pour le soundpainting et l'improvisation générative avec Vincent Lê Quang. Il en ressort en 2021 avec l’obtention de son diplôme national supérieur professionnel du musicien.
Très attaché à l'importance du son classique de la flûte traversière en jazz, il se voit décerner en janvier 2018 le prix Coup de coeur du jury pour sa prestation avec Robin & the Woods lors du tremplin Action Jazz. Ce quintet bordelais, ayant remporté le Grand prix Action Jazz Nouvelle-Aquitaine 2018 et le prix Fip Radio 2018, lui a notamment permis de se produire pendant trois jours à Shanghai en juin 2019, et de jouer dans de nombreux festivals de la région. Le groupe sort en avril 2021 l’album Moonfall, élu coup de cœur Radio France.
Fort d’une expérience musicale de plus de dix ans, il lance en 2021 son projet le plus personnel à ce jour : le quartet Holocène. À travers des compositions originales associant les esthétiques de jazz les plus modernes (John Hollenbeck, Sylvain Rifflet, Emile Parisien) et d'anciennes formes de musiques afro-américaines, il puise son inspiration dans des thématiques écologiques lui tenant intimement à cœur : l’impact de l’Homme sur les écosystèmes, le dérèglement climatique, la course effrénée vers la modernité . Réunissant Thomas Gaucher à la guitare, Alexis Cadeillan à la basse électrique et Emilian Ducret à la batterie, le groupe voit le jour en novembre 2021 lors d’une résidence de création à Cénac, avec le soutien de la DRAC Nouvelle-Aquitaine et de l’association Jazz360.